macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-09-01から1日間の記事一覧

複数のcontigをマージしアセンブリの連続性を改善する Mix

2019 6/11 追記 ゲノムアセンブリ構築の利点を得ることを妨げる課題の中には、未完成のアセンブリおよびその後の実験的な費用の両方がある。第一に、ゲノムデノボアセンブリのための多数のソフトウェアソリューションが利用可能であり、それぞれがその長所と…

de novoアセンブルしてバリアントをコールするDISCOVAR

DISCOVARは2014年にNature geneticsに載ったバリアントを検出する方法論。シーケンスデータをアセンブルして、バリアントをコールする。ヒトゲノムの構造変化は90%ほどは既存のツールで検出可能だが、残りの構造変化(low-complexity sequenceやsegmental du…

バクテリアやアーキアの遺伝子を予測するProdigal(メタゲノムデータセットにも対応)

2019 5/8 インストール追記 ProdigalはDynamic Programmingの方法論により効率的にバクテリアやアーキアの遺伝子を探すツール。既存の方法は様々存在するが、本手法はまずインプットゲノムを分析してモデルを構築し、それから遺伝子を予測することで、false …

tRNAやtmRNAをゲノムから素早く検出する ARAGORN

2019 2/15 Biocondaインストール追加、バッチモード追加 2019 3/10 タイトル修正 2019 5/50 インストール方法追記 ARAGORNは既存のtRNAとのホモロジーや二次構造などを手掛かりにゲノム中からtRNAやtmRNAを探すツール。 webサーバー ARAGORN, tRNA (and tmRN…