macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-09-01から1日間の記事一覧

Mixで複数のcontigを混合し、アセンブルパフォーマンスを引き上げる。

Mixはバクテリア向けに設計された、複数のconitgを混合し(ミックスして)てより長いcontigを作る方法論。うまく使えば、細分化されたcontigをより合わせ、元より長いcontigをPCRを行わずに作ることができる。 インストール 依存 python 2.7 (http://www.pyt…

de novoアセンブルしてバリアントをコールするDISCOVAR

DISCOVARは2014年にNature geneticsに載ったバリアントを検出する方法論。シーケンスデータをアセンブルして、バリアントをコールする。ヒトゲノムの構造変化は90%ほどは既存のツールで検出可能だが、残りの構造変化(low-complexity sequenceやsegmental du…

バクテリアやアーキアの遺伝子を予測するProdigal

ProdigalはDynamic Programmingの方法論により効率的にバクテリアやアーキアの遺伝子を探すツール。既存の方法は様々存在するが、本手法はまずインプットゲノムを分析してモデルを構築し、それから遺伝子を予測することで、false positiveを抑えtrue callを…

ARAGORNでtRNAやtmRNAを探す。

ARAGORNは既存のtRNAとのホモロジーや二次構造などを手掛かりにゲノム中からtRNAやtmRNAを探すツール。 webサーバー ARAGORN, tRNA (and tmRNA) detection インストール brewで導入できる。 brew install ARAGORN ラン ARAGORN genome.fa > output ポジショ…