macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-08-29から1日間の記事一覧

多機能なNGSの管理ツール BBtools 其の2

の続き。BBtoolsの残りのコマンドを紹介する。紹介するのは以下のコマンドである。 Reformat - フォーマット変換やクオリティトリミング。 Repair - ペアリードの順番が壊れたファイルを修復する。 Stats - アセンブリの基本情報をレポートする。 BBDuk - ク…

多機能なNGSの管理ツール BBtools 其の1

2018 9/5 bbmerge-auto.sh修正 BBtoolsはアメリカのJGIが提供している多機能なNGS向けの解析ツール。2014年にオープンソース化されたらしい。論文は現在準備中とある。アライメントのBBmapや、オーバーラップがないペアリードをマージするBBMerge、エラーコ…