macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-08-22から1日間の記事一覧

QUASTでアセンブル結果を評価する

QUASTはspadesアセンブラで有名なAlgorithmic Biology Labが発表した、リファレンスとのアライメントからアセンブルの出来を評価するツール。web版とコマンドラインでランするローカル版がある。 QUASTマニュアル ダウンロード http://bioinf.spbau.ru/quast…

Reference-assisted assembly4 AlignGraph

AlignGraphは、よく似たゲノム配列を使いcontigを伸ばしたり繋いでくれるツール。よく似たゲノム配列が存在するとき、アセンブリして作ったcontigやscaffoldsをさらに伸ばすために使われたりする。 インストール 依存 Bowtie2 BLAT PBLAT (http://icebert.gi…