macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-08-22から1日間の記事一覧

アセンブリ結果を評価する QUAST

2019 4/12 quast-lg追記 QUASTはspadesアセンブラで有名なAlgorithmic Biology Labのチームが発表した、アセンブリの性能や精度を評価するツール。web版とコマンドラインでランするローカル版がある。 QUASTマニュアル ダウンロード http://bioinf.spbau.ru/…

Reference-assisted assembly4 AlignGraph

AlignGraphは、よく似たゲノム配列を使いcontigを伸ばしたり繋いでくれるツール。よく似たゲノム配列が存在するとき、アセンブリして作ったcontigやscaffoldsをさらに伸ばすために使われたりする。 インストール 依存 Bowtie2 BLAT PBLAT (http://icebert.gi…