macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-08-20から1日間の記事一覧

duplicationリードにタグをつける samblaster

2019 1/14 コマンド修正 2020 4/17 help追加 samblasterは、samファイルのduplicationのリードにタグをつけたり、構造変化の指標となるsplit-alingment readやdiscordant read pairを別ファイルに出力できるツール。samの時点でデータをより分けることで、di…

fastqデータを検証する FastQValidator

FastQValidatorは、fastqのフォーマットを検証しておかしなリードが含まれるのか調べることができるツール。具体的には、1つだけファイル名がおかしかったり(ヘッダーが@で始まっていないとか短すぎるとか)、数塩基しかないようなリードが混じっているか…