macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-08-16から1日間の記事一覧

ONTリードのシミュレーター NanoSim

NanoSImは2017年に発表されたOxford nanoporeのロングリードのシミュレーター。ユーザーが指定したONTリードからプロファイルを作成し、それに基づいてロングリードを発生させることができる。 インストール 依存 minimap2 (Tested with version 2.10) LAST …

SNVやindel変異を再現できるfastqのシミュレーターwgsim

#標準出力修正 wgsimはfastqをシミュレートできるツールである。Wgsimは、SNPと挿入/欠失多型と二倍体ゲノムをシミュレートできる(シーケンスエラーを再現したり、diploidゲノムの多型を想定して、一定の確率で変異を入れることができる)。もともとSAMtool…