macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-08-01から1日間の記事一覧

fastq / fastaの操作ツール seqtk

seqtkはfastqをfastaに変換したり、相補鎖に変換できるツール。ランダムサンプリング機能ももち、de novo transcriptome解析でアセンブルに有利なリードデプスに間引くツールとして用いられることもある(ペーパー)。動作が非常に高速のため使いやすい。似…

オルソログを探す OrthoFinder

2019 11/3 condaインストール追記 2019 11/24 help追記 配列間の相同性関係を同定することは生物学的研究にとって基本である。 ここで本著者らはオルソロググループ推論アルゴリズムにおける以前には検出されていない遺伝子長バイアスを解決するOrthoFinder…

アセンブル結果をリードのアライメントパターンから評価する TransRate

2020 11/30 文章修正、help追加、condaによるインストールコマンド追加 TransRateは、de novoトランスクリプトームアセンブリの品質をリファレンスフリーで評価するためのツールである。シークエンシングリードとアセンブリのみを入力として使用して、de nov…