macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-07-31から1日間の記事一覧

de novo transcriptome向けのアノテーションツール; Trinotate

2018 10/30 コード修正 2019 10/11 インストール追記、関連ツールリンク追記 2019 10/12 help追記、 2020 2/1 間違ったdockerリンク消去 de novo transcriptomeのアノテーションツールとしてblast2GOがよく知られているが、Trinotateというツールが発表され…

膜貫通領域を予測する TMHMM

2019 12/18 インストール追記 TMHMMは膜貫通領域を予測するツール。膜タンパク質であるかどうかの判定にも用いられる。 マニュアル 解凍したディレクトリにユーザーガイド(TMHMM2.0.html)あり。 TMHMM2.0 インストール 依存 perl and requires perl 5.0 そ…

隠れマルコフモデル(HMM)のペアワイズアラインメントに基づいた高感度なタンパク質配列検索ツール HMMER

2019 6/25インストール追記 2019 12/17 タイトル修正 2020 7/12 help追加、タイトル修正 2020 7/14 helpとGitHubリンクを間違ったため差し替え。 2020 8/11 ダウンロードリンクをカレントに修正 HMMERはタンパク質のドメイン検索に使われるツール。Pfamなど…