macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-07-31から1日間の記事一覧

de novo transcriptome向けのアノテーションツール; Trinotate

2018 10/30 コード修正 2019 10/11 インストール追記、関連ツールリンク追記 2019 10/12 help追記 de novo transcriptomeのアノテーションツールとしてblast2GOがよく知られているが、Trinotateというツールが発表された(論文はまだ)。Trinotateは非モデル…

膜貫通領域を予測する TMHMM

2019 12/18 インストール追記 TMHMMは膜貫通領域を予測するツール。膜タンパク質であるかどうかの判定にも用いられる。 マニュアル 解凍したディレクトリにユーザーガイド(TMHMM2.0.html)あり。 TMHMM2.0 インストール 依存 perl and requires perl 5.0 そ…

相同なタンパク質配列を探す HMMER

2019 6/25インストール追記 2019 12/17 タイトル修正 HMMERはタンパク質のドメイン検索に使われるツール。Pfamなどのタンパク質ドメインのデータベースを使い、ドメインの検索を行ってアノテーションをつけることができる。ここではhmmscanを試す。 webサー…