macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-07-30から1日間の記事一覧

rRNAを探索する RNAMMER

2020 8/22 関連ツールリンク追記 fastaからrRNA配列を探すツール。アノテーションに使えるのはもちろんだが、それだけでなく、de novo transcriptome解析などで、rRNAにマッピングされるリードを排除するため、rRNAをもれなく検索したい時などにも使えると思…

タンパク質のコード領域を推定する TransDecoder

2019 5/8 インストール追記 2019 11/29 インストール追記 2020 7/12 仮想環境を作ってインストールするように変更, help追記,。 (コメントいただいたstepも修正しました。) 2020 8/11 リンク追加 TransDecoderはアセンブリなどで作ったcDNA配列からコード…