macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-07-30から1日間の記事一覧

RNAMMERでrRNAを探す。

fastaからrRNA配列を探すツール。アノテーションに使えるのはもちろんだが、それだけでなく、de novo transcriptome解析などで、rRNAにマッピングされるリードを排除するため、rRNAをもれなく検索したい時などにも使えると思われる。 webサーバー版 http://w…

TransDecoderでタンパク質のコード領域を推定する

TransDecoderはアセンブリなどで作ったcDNA配列からコード領域を見つけるツール。 RNA seq実験でdo novo assemblyした配列や、cuflinksなどのgenome guide assemblyなツールで作った配列からコード領域を探す時などに使われる。trinityや Trinotateにも取り…