macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-07-20から1日間の記事一覧

bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール

2019 3/20 誤字修正 bamからwiggleファイルに変換してviewerに取り込むと、カバレッジtrackとして表示できる。ただしそれにはsamtoolsのpileupを使いbamからwiggleファイルを作る必要があり、作り方がやや面倒だった。現在では、コマンド一発でwiggleファイ…

eukaryotesのアノテーションツール Augustus

Augustusはblast2goでも使われているeukaryotesのアノテーションツール。既存の他の手法と比較しても精度が高い手法と述べられている(検証リンク)。高速なwebサーバー版と、RNA-seqのbamファイルを指定してexon-intron情報を与え、予測精度を上げるlocal版…