macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-07-11から1日間の記事一覧

RNA seqのリードカウント featureCounts

RNA reqのリードカウントツールを紹介する。 featureCounts ダウンロード sourceforgeリンク https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-1.5.2/ インストール ソースコードをダウンロードして解凍し、/srcに移動。macでは以下のようにしてビル…

edgeR

発現が負の二項分布に従うと仮定した検定法。正規化はTMMで行う。FPKM/RPKM補正のcufflinksより正しくDEGの検出ができる検定法とされる。詳細は門多先生のスライドやdry本の序章の正規化の話を読んでください。以下のマニュアルも大変参考になります。後半で…