macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-29から1日間の記事一覧

トランスポゾン検出ツール1 MELT

MELTは、iiluminaのペアエンドデータを使いリファレンスに存在しないmobile elementを検出するツール。以前1000 genomeで使われていたが、その後バージョンアップにより様々なゲノムに対応するようになった。SGEの分散コンピュータ環境から、SGEを使わない環…

Reference-assisted assembly3 ABACAS

ABACASはサンガー研の開発したReference-assisted assemblyなアセンブル法である。2009年に論文が発表された。サンガー研のACTやMummerの機能と連携しており、ランと結果の分析にはこの2つがインストールされている必要がある。その他の特徴として、primer3…

フォーマット変換 bam=> Fastq アライメントされなかったリードの取り出し方など

いくつか方法があるのでまとめておく。 追記 文章修正 1、bam2fastq 公式サイトでは今後は使用非推奨で、代わりにpicardを使ってと記載されています。これまでのデータであれば問題ないと思われますが、注意して使ってください。 ダウンロード 公式サイト Ge…