macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-27から1日間の記事一覧

k-mer カウントして、配列も出力するツール jellyfish、BFCounter

2017.11追記 2018.03 -sフラグ修正 2019 5/14 リンク追加 2019 9/9 BFcounterインストール追記 k-merカウントを行うjellyfishと、k-merの全配列を書き出すBFCounterを紹介する。 Jellyfish 公式サイト JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA Gi…

velvetのベストなk-merを自動で決めてアセンブルするvelvetoptimiser

velvetoptimiserは自動でk-merを振ってKmer coverage を調べ、velvetのアセブルにベストと思われるk-merのサイズを決め、アセンブルまで自動で行うラッパーツール。Velvetkよりもっと便利に使える。 Github wikiリンク https://wiki.gacrc.uga.edu/wiki/Velv…

ショートリードのアセンブリツール

随時更新 これまでNGSデータをアセンブル様々なアセンブルやツールが発表されてきた。例えばOMICs toolでhitするツールは121ある(https://omictools.com/genome-assembly-category)。ショートリードに限定すると数は減るが、それでも膨大な数である。全て…

DNA解析ソフト1 Snapgene

2018 10/26 追記 2019 4/22 プライマーの説明追加 2019 5/30 誤字修正 2019 7/1 追記 SnapGeneはプラスミドやゲノムの解析ソフトである。ビジュアルで見やすく表示する機能に特化しており、制限酵素処理結果を画面で見やすく表示したり、TA cloningやgibson…