macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-19から1日間の記事一覧

sam/bamファイルを変換、編集したり分析するためのツール

samとbamのハンドリングに関するツールを紹介する。 似たような機能と名前を持つツールが多くて混乱するが、データ処理時に使えると便利なものもある。代表的な機能に限って紹介するので、確認してみて下さい。 brewでツールをインストールするので、はじめ…

contigからscaffoldを作るツールの検証

アセンブルして作ったcontigをペアリード情報やロングリード情報を使って統合し、Scaffoldを作るツールがいくつか発表されている。代表的なものをインストールしてテストした。 ツールのインストール テストには2種のバクテリア、Nostoc pcc 7120(Taxonomy …

フォーマット変換 Fastq=> Fasta

awkのコマンドで一発でできる。 awk '(NR - 1) % 4 < 2' test.fq | sed 's/@/>/' > test.fa または、embossのseqretコマンドでも同じことができる。seqretコマンドは別に紹介しています。