macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-19から1日間の記事一覧

sam/bamファイルを変換、編集したり分析するためのツール

随時更新 2019 1/23 リンク修正 samとbamのハンドリングに関するツールを紹介する。 追記 --2017-- 8/20 samblaster samblasterでduplicationリードにタグをつける 8/29 BBTools 其の1、其の2 9/27 bamに塩基置換やindel変異を起こす bamに塩基置換やindel…

contigからscaffoldを作るツールの検証

アセンブルして作ったcontigをペアリード情報やロングリード情報を使って統合し、Scaffoldを作るツールがいくつか発表されている。代表的なものをインストールしてテストした。 ツールのインストール テストには2種のバクテリア、Nostoc pcc 7120(Taxonomy …

フォーマット変換 Fastq=> Fasta

awkのコマンドで一発でできる。 awk '(NR - 1) % 4 < 2' test.fq | sed 's/@/>/' > test.fa または、embossのseqretコマンドでも同じことができる。seqretコマンドは別に紹介しています。