macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-19から1日間の記事一覧

sam/bamファイルを変換、編集したり分析するためのツール

samとbamのハンドリングに関するツールを紹介する。brewでツールをインストールするので、はじめにbrew tap でsiience系のコマンドをオフィシャルコマンドとしてインストールできるようにしておく。 brew tap brewsci/science #2/25リンク修正 追記 --2017--…

contigからscaffoldを作るツールの検証

アセンブルして作ったcontigをペアリード情報やロングリード情報を使って統合し、Scaffoldを作るツールがいくつか発表されている。代表的なものをインストールしてテストした。 ツールのインストール テストには2種のバクテリア、Nostoc pcc 7120(Taxonomy …

フォーマット変換 Fastq=> Fasta

awkのコマンドで一発でできる。 awk '(NR - 1) % 4 < 2' test.fq | sed 's/@/>/' > test.fa または、embossのseqretコマンドでも同じことができる。seqretコマンドは別に紹介しています。