2017-06-14から1日間の記事一覧
ローカルblastは通常genbankファイルを扱えない。そのため、ACTのようなツールでゲノム比較を行うためには以下のような面倒な流れを取る必要がある。 gbkファイルの入手。 ↓ fastaファイルの抽出(またはgenbankと同じfaファイルの入手) ↓ ローカルblast、…
インストールは以下で説明しています。 チュートリアルの総仕上げとして、CCTのコマンドfetch_all_refseq_bacterial_genomes.shを使って、登録されているバクテリアのrefseq配列全てを自動ダウンロードして、リファレンスゲノムと比較してみることにする。リ…
インストールは以下で説明しています。 公式ページのチュートリアル7を実践していく。 人のミトコンドリアゲノムを、他の生物のミトコンドリアゲノムと比較する。 ミトコンドリアゲノムNC_012920をダウンロードする。 fetch_genome_by_accession.sh -a NC_01…