macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-14から1日間の記事一覧

blast解析からArtemis comparison tool 起動まで自動で行うラッパーツール

ローカルblastは通常genbankファイルを扱えない。そのため、ACTのようなツールでゲノム比較を行うためには以下のような面倒な流れを取る必要がある。 gbkファイルの入手。 ↓ fastaファイルの抽出(またはgenbankと同じfaファイルの入手) ↓ ローカルblast、…

CGView Comparison Toolによるゲノム比較 実践編 -大量のバクテリアゲノムの同時比較

インストールは以下で説明しています。 チュートリアルの総仕上げとして、CCTのコマンドfetch_all_refseq_bacterial_genomes.shを使って、登録されているバクテリアのrefseq配列全てを自動ダウンロードして、リファレンスゲノムと比較してみることにする。リ…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較7 -大量のミトコンドリアゲノムの同時比較

インストールは以下で説明しています。 公式ページのチュートリアル7を実践していく。 人のミトコンドリアゲノムを、他の生物のミトコンドリアゲノムと比較する。 ミトコンドリアゲノムNC_012920をダウンロードする。 fetch_genome_by_accession.sh -a NC_01…