macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-06-13から1日間の記事一覧

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較6 -次世代リードのアライメント

次はCCTを使って次世代データをリファレンスに当てて、リードの張り付きをビジュアル化するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル6)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 今までと流れが微妙に異なっているので注意する。 francisel…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較5 - ゲノム比較とモニタージュ合成

葉緑体、ミトコンドリアの次は、CCTを使って複数ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル5)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 全体比較は手順が異なる。まずbuild_blast_atlas_all_vs_all.shコマンドを使い、新し…

CGView Comparison Toolによるゲノム比較4 - ミトコンドリアゲノムの比較

葉緑体ゲノムに続き、CCTを使ってミトコンドリアゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル4)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 前半は以前のクロモソーム、プラスミドと同じなので簡潔に説明する。 まずはドブネズ…

CGView Comparison Toolによるゲノム比較3 - 葉緑体ゲノムの比較

プラスミド、クロモソームに続き、CCTを使って葉緑体ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル3)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 前半は以前のクロモソーム、プラスミドと同じなので簡潔に説明する。 まずはPorph…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較2 - クロモソームの比較

インストールは以下で説明しています。 プラスミドに続き、E.coliのゲノムを他のE.coliゲノムと比較してみる(公式ページのチュートリアル2)。 ゲノムをダウンロード。 fetch_genome_by_accession.sh -a CP001855 -o ./ CP001855.gbkがダウンロードされる。…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較1 - プラスミド

インストールは以下で説明しています。 チュートリアル1なので、やや丁寧に説明していく。 インストールが終わったら、CCTのチュートリアルにある図の描画を実践していく。初めての人は下のコマンドを順にコピペしていけばよい。 初回はE.coliのプラスミドE…