2017-06-13から1日間の記事一覧
次はCCTを使って次世代データをリファレンスに当てて、リードの張り付きをビジュアル化するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル6)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 今までと流れが微妙に異なっているので注意する。 francisel…
葉緑体、ミトコンドリアの次は、CCTを使って複数ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル5)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 全体比較は手順が異なる。まずbuild_blast_atlas_all_vs_all.shコマンドを使い、新し…
葉緑体ゲノムに続き、CCTを使ってミトコンドリアゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル4)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 前半は以前のクロモソーム、プラスミドと同じなので簡潔に説明する。 まずはドブネズ…
プラスミド、クロモソームに続き、CCTを使って葉緑体ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル3)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 前半は以前のクロモソーム、プラスミドと同じなので簡潔に説明する。 まずはPorph…
インストールは以下で説明しています。 プラスミドに続き、E.coliのゲノムを他のE.coliゲノムと比較してみる(公式ページのチュートリアル2)。 ゲノムをダウンロード。 fetch_genome_by_accession.sh -a CP001855 -o ./ CP001855.gbkがダウンロードされる。…
インストールは以下で説明しています。 チュートリアル1なので、やや丁寧に説明していく。 インストールが終わったら、CCTのチュートリアルにある図の描画を実践していく。初めての人は下のコマンドを順にコピペしていけばよい。 初回はE.coliのプラスミドE…