macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-03-24から1日間の記事一覧

IGVのtips 分割表示やGC変化の表示

IGV

banファイルを読み込んでリード情報を可視化できるフリーソフト。多様なオプションが用意されており、使いこなすにはかなり勉強が必要。 例を挙げて説明する。 1、Split view 表示 下のようにウィンドウを分けて表示できる。本来はmate-pairの相方リード表示…

InDel_Hunterのマッピングソフト検討

ARTで250bpでカバレッジ100のシングルfastqを生成。マッピングソフトによるカバレッジの差を調べる。 まずはfastqのジェネレート。 art_illumina -ss MSv3 -sam -i input.fasta -p -l 250 -f 100 -s 10 -o single-read マッピングソフトデフォルト条件での平…

ゲノム比較ビューア Artemis comparison tool (ACT)

ACTは2つ以上のゲノムを比較して、塩基配列同一性の高い領域を描画するツールである。3つ以上のゲノムを同時に比較することも可能で、汎用性は高い。解析に必要なのは比較する生物種ごとのfastaファイルと遺伝子のアノテーションファイル(genebankフォー…

Artemis使用法

Artemisはサンガー研で開発されたゲノムデータをビジュアルで見れるソフト。ゲノムのデータ(genebakファイルなど)を読み込ませると、遺伝子単位まで拡大して確認できる。ダウンロードはここから http://www.sanger.ac.uk/science/tools/artemis Macなら、…

真核生物のRNA-seqデータ解析

今回はhumanのデータを使う。重いのでchromosome19に限定して解析する。 ------------準備------------ 1、データ fastaファイル。 FTP Downloadからhumanのfastaファイルをダウンロードする。 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.19.fa rRNAのfastaファ…

ggplot2によるグラフ作成

Contig_Hunter_version_0.1.plで解析すると、-R_ggplot2というフォルダの中に4つのファイルが出力される。それをRに読み込ませる。*1 coverage.txt GC.txt length.txt name.txt Rのワーキングディレクトリに4つのファイルをコピーし、Rのターミナル環境で…